Die Invasion Dänemarks durch das Deutsche Reich unter dem Namen „“Unternehmen Weserübung“ erfolgte in den frühen Morgenstunden des 9. Aprils 1940. Um 4.15 Uhr marschierte die Wehrmacht in Südjütland an. Gleichzeitig gab es auch Truppenlandungen in der dänischen Hauptstadt Kopenhagen. Die deutschen Truppen gingen dabei sehr gezielt und schnell durch. Schon am Abend des 9. Aprils war ganz Dänemark besetzt. Ganz wichtig beim Vorgehen war zunächst die Besetzung des Flughafens Aalborg ganz im Nordens Jütlands. Die dänische Regierung protestierte gegen die Verletzung der Neutralität des Landes. Auch die dänische Armee leistete – zwar nur begrenzt – Widerstand gegen die Invasion Deutschland. So kam es in Kopenhagen, Südjütland, im Bereich der Brücke Storstrømsbroen und auf Seeland zu Kampfhandlungen. Unter der Drohung, Kopenhagen zu bombardieren, stimmte Dänemark der friedlichen Besetzung zu. Schon schnell konnte die deutsche Wehrmacht das dänische Eisenbahnnetz und alle Flugplätze einnehmen. Das war wichtig, denn am selben Tag wurde auch Norwegen von deutschen Truppen besetzt, sodass die Wehrmacht damit die Truppen in Norwegen erfolgreich versorgen und unterstützen konnte.
Einen Tag später, am 10. April, wurde das „Unternehmen Weserübung Süd“ – die Invasion Dänemarks – erfolgreich abgeschlossen. Die dänischen Streitkräfte behielten allerdings noch drei Jahre lang Flotte und Herr. Auch das Staatsoberhaupt, König Christian X., ging nicht ins Exil und blieb weiter in Dänemark. Da die Nationalsozialisten die Dänen als Arier sahen, garantiere das Deutsche Reich weiterhin die territoriale Integrität. So übernahm Deutschland laut einer Note an die Regierung ab sofort den bewaffneten „Schutz des Königtums Dänemark“ sowie seine Neutralität. Der oberste deutsche Repräsentant hieß Cécil von Renthe-Fink. Er war seinerzeit Botschafter und Reichsbevollmächtigter in Dänemark. Auf dänischer Seite blieb Staatsminister Thorvald Stauning erster demokratischer Repräsentant des dänischen Volkes. Das Deutsche Reich als Besatzungsmacht verpflichtete sich also die staatliche Integrität Dänemarks zu berücksichtigen und sich nicht in die inneren Angelegenheiten des Landes einzumischen. Allerdings wurde diese Politik nach und nach verworfen und 1943 komplett aufgegeben.
Die Regierung wurde zunächst von einer Großen Koalition – ohne den dänischen Nationalsozialisten – gebildet. Doch das 3. Reich nahm mehr und mehr Einfluss auf das politische Geschehen im Land. So wurden beispielsweise am 22. Juni 2941 zahlreiche dänische Kommunisten verhaftet und ins Lager Horserød gebracht. Nachdem das „Unternehmen Barbarossa“ 1941 begann, zwang Adolf Hitler die dänische Regierung den Antikominternpakt zu unterzeichnen. Damit war die Neutralität des Landes dahin. Der dänische Widerstand formierte sich langsam. Trotzdem kämpfte die dänische Regierung weiter offen gegen die deutsche Politik. So lehnte sie etwa die Verfolgung von Juden ab. Ab Mai 1942 verschärften sich die Lage. Staatsminister Stauning starb. Vilhelm Buhl wurde sein Nachfolger. Durch die sogenannte „Telegramkrise“ im Herbst 1942 veränderte sich die Bedingungen zunehmend. Hitler gratulierte dem König am 26. September per Telegramm zum Geburtstag mit dem Wortlaut: „Euerer Majestät übermittle ich zum Geburtstage meine aufrichtigen Glückwünsche“. Der 72-jährige König Christian X. antwortete: „Spreche Meinen besten Dank aus. Christian Rex.“ Hitler nahm diese Antwort mit Empörung auf. Er fühlte sich geringgeschätzt. Deutschland zog den deutschen Botschafter ab. Der dänische Botschafter wurde aus dem deutschen Reich ausgewiesen. In Kopenhagen vertrat ab sofort der SS-Obergruppenführer Werner Best die deutschen Angelegenheiten. Er schlug von nun an einen sehr viel schärferen Ton an. Auf deutschen Druck musste Buhl zurücktreten. Erik Scavenius wurde neuer Staatsminister.
Schon im Dezember 1941 forderte Adolf Hitler entlang der 5.000 Kilometer besetzten Atlantikküste von der Spitze Norwegens über Dänemark, Holland und Frankreich, einen „Gürtel an Bollwerken“ zu erbauen. Die Idee eines Atlantikwalls war geboren. In die Tat umgesetzt wurde der Bau der Befestigungsanlagen nach der missglückten Landung kanadischer Truppe bei Dieppe Mitte August 1942 in der sogenannten „Operation Jubilee“. Unter dem Befehl von Generalfeldmarschall Gerd von Rundstedt wurde am 25. August 1942 mit den Arbeiten begonnen – auch an der dänischen Küste. Dafür wurde von Generalfeldmarschall Wilhelm Keitel der Befehl erlassen, die jeweilige Bevölkerung in den besetzten Gebieten für den Bau unter Zwang arbeiten zu lassen. Ab November 1943 übernahm Generalfeldmarschall Erwin Rommel die Verantwortung für die Arbeiten, die an vielen Stellen nicht so voranschritten, wie erhofft. Oft fehlten Material und Arbeitskräfte. Zudem sah Rommel, dass es dem Atlantikwall an Verteidigungstiefe fehlte. Für Rommel lag die Hauptverteidigungslinie trotz der Bunker- und Geschützanlagen weiter am Strand. Dort wurden dann auf seinen Befehl vor allem Hemmbalken gebaut. Rommel und von Rundstedt sahen bald ein, dass der Atlantikwall vor allem Propaganda der Nationalsozialisten war. Gerd von Rundstedt sprach es offen aus: Der Atlantikwall „ist ein riesiger Bluff“.
Dänemark wurde währenddessen von 1943 bis 1945 vollständig besetzt. Am 28. August stellte das Deutsche Reich aufgrund von Streiks und Sabotageanschlägen der Regierung in Kopenhagen ein Ultimatum. So wurde ein Versammlungsverbot, eine Ausgangssperre, Militärgerichte und die Einführung der Todesstrafe gefordert. Die Regierung weigerte sich und wurde daraufhin aufgelöst. Der Befehlshaber der deutschen Truppen, Hermann von Hannecken, verhängte den Ausnahmezustand. De facto bestimmten die deutschen Besatzer das politische und gesellschaftliche Leben. Trotzdem formierte sich weiter der Widerstand im Land. So konnten etwa am 2. Oktober 1943 7.000 dänische Juden vor der geplanten Deportation gerettet werden. Sie wurden von Helfern mit Booten nach Schweden ins Exil gebracht. Hier wurde der Widerstand allerdings auch vom deutschen Diplomaten Georg Ferdinand Duckwitz unterstützt, der heimlich eine Aufnahmezusage der schwedischen Regierung ausgehandelt hatte. Nach der Landung in der Normandie 1944, konnte der Widerstand mehrere Tage die Staatsbahn in Dänemark blockieren, sodass keine deutschen Soldaten nach Frankreich gesendet werden konnten. Am 5. Mai kapitulierten die Wehrmacht in Dänemark. Damit endete eines der dunkelsten Kapitel der jüngsten dänischen Geschichte.
